Muhammad Thohir, putera ketiga dari pasangan H. Munawar dan Hj. Kiptiyah, saat ini menetap di Kediri. Selain aktif sebagai Ketua Yayasan FAQIH (Forum Amanah Qurrah dan Huffazh) dan pengurus PW Jam’iyatul Qurra wal Huffazh NU Jawa Timur, pernah berkhidmat di PW LP Maarif Jawa Timur, dan saat ini juga memegang posisi sebagai pengajar tetap negeri di Fakultas Tarbiyah dan Keguruan, UIN Sunan Ampel Surabaya sejak tahun 1998.

Guru Besar di bidang manajemen pendidikan Islam ini juga memiliki keahlian dalam pembelajaran bahasa Arab untuk tujuan khusus, linguistik terapan, sains dan keagamaan, juga sebagai penulis buku dan artikel ilmiah bereputasi internasional. Selama di UIN Sunan Ampel, dia telah dipercaya menduduki jabatan, antara lain, Sekretaris Jurusan Pendidikan Bahasa Arab, Ketua Pusat Pendampingan dan Pengembangan Mutu Mahasiswa-Lembaga Penjaminan Mutu UIN Sunan Ampel, Ketua Gugus Kendali Mutu FTK, Ketua SMM ISO 9008:2015 Secretariat, Ketua Jurusan Pendidikan Islam, serta saat ini sebagai Dekan Fakultas Tarbiyah dan Keguruan.

Pendidikan formalnya dimulai di MI NU Nurul Ummah Sidoarjo, MTsN Sidoarjo, MAN Sidoarjo. Jenjang sarjana, S1 di di IAIN Sunan Ampel Surabaya (sebelum menjadi UIN). S2 di PPs UNESA Surabaya dengan beasiswa Kemenristek Dikti RI, dan S3 di UNINUS Bandung dengan beasiswa Diktis Kemenag RI. Berbagai kegiatan international workshop dan shorcourse ilmiah yang telah diikuti, antara lain, Daurah Arabiyah di Ummul Qura University of Mecca KSA, Research Management di University of Melbourne, Doctoral Research Sandwich Program di Deakin University, Quality Management di University of Canberra, Modern Standard Arabic Teaching di Leipziq University of Germany, dan Asean University Network-Quality Assurance (AUN-QA) di Thailand.