Muhammad Thohir, dosen tetap di UIN Sunan Ampel (UINSA) Surabaya sejak 1998. Gelar Sarjana diperolehnya dari UINSA (1996), Magister dari Universitas Negeri Surabaya (2003), dan Doktor dari Universitas Islam Nusantara Bandung (2016) dengan program Doctoral Research Sandwich di Deakin University, Australia. Saat ini dia menjabat sebagai Dekan Fakultas Tarbiyah dan Keguruan (2022–2026), Guru Besar dalam bidang Manajemen Pendidikan Islam, dan juga ahli dalam pembelajaran bahasa Arab.

Akademisi yang pernah aktif di PW JQH NU Jawa Timur ini juga menjadi Ketua Yayasan FAQIH dan produktif menulis buku dan artikel ilmiah. Pengalaman akademik internasionalnya, antara lain mendalami program: Teaching Arabic as a Foreign Language di Ummul Qura University Mekkah, Modern Standard Arabic Teaching di Leipzig University Jerman, Research Management di University of Melbourne, Quality Management di University of Canberra, serta AUN-QA di Thailand.